Não sei se tem variação disso entre as versões, mas eu tenho a versão 2.0-RC6 e a configuração disso é feita no caminho ocomon\includes\config.inc.php
Altere o que está em vermelho...
Procure por:
$H_default = array (8,22,13,4); //AQUI A JORNADA É: DAS 8:00 ÀS 22:00 , HORA FINAL DE INTERVALO: 13:00 E SÁBADO SÃO TRABALHADAS 4 HORAS
E altere para:
$H_default = array (8,22,13,0); //AQUI A JORNADA É: DAS 8:00 ÀS 22:00 , HORA FINAL DE INTERVALO: 13:00 E SÁBADO SÃO TRABALHADAS 0(zero) HORAS
Obs.: Por padrão, o domingo não é contado na SLA.